Eskadra sformowana została 7 listopada 1918 na lotnisku Rakowice w Krakowie jako I Eskadra Bojowa Lotnicza. 21 grudnia 1918 jednostka otrzymała nazwę 5 Eskadra Lotnicza (Wywiadowcza). W tym samym miesiącu patrolowała m.in. obszar Śląska Cieszyńskiego, działając na korzyść wojsk gen. Franciszka Latinika. 14 stycznia 1919, po zakończeniu formowania, eskadra przetransportowana została pod Przemyśl i tam podporządkowana gen. Tadeuszowi Rozwadowskiemu. Weszła w skład II Grupy. 20 września 1919 stacjonowała na lotnisku Dżuryn, wchodząc w skład III Grupy. W sierpniu 1920 będąc w strukturach III Dywizjonu na wyposażeniu miała samoloty Airco DH.9. W bitwie pod Lwowem eskadra operowała z lotniska we Lwowie. Wówczas cały III Dywizjon Lotniczy w tym 5 Eskadra przypisany był do 6 Armii na Froncie Południowym. Front miał za zadanie bronić Lwowa i szachować Budionnego w Małopolsce wschodniej. 17 sierpnia 1920 roku III dywizjon otrzymał rozkaz powstrzymania armii Budonnego, tego dnia na 14 samolotach wykonał 72 loty bojowe. W obawie przed zajęciem Lwowa, pod wieczór 18 sierpnia dywizjon w tym 5 eskadra odleciała do Przemyśla, we Lwowie pozostało jedynie dowództwo lotnictwa frontu i armii z mjr pil. Cedric Fauntleroyem na czele. Na mocy rozkazu z 18 stycznia 1921 eskadra stacjonowała w Przemyślu. W sierpniu 1921 eskadra weszła w skład VII Dywizjonu Wywiadowczego 3 Pułku Lotniczego w Poznaniu. W lutym 1925 pododdział przemianowany został na 31 Eskadrę Lotniczą i podporządkowany dowódcy I Dywizjonu Lotniczego. We wrześniu 1929 jednostka przemianowana została na 31 Eskadrę Liniową, a sierpniu 1939, w czasie mobilizacji alarmowej, na 31 Eskadrę Rozpoznawczą.
Bristol F2B
W sierpniu 1939, w czasie mobilizacji alarmowej, 31 Eskadra Liniowa 3 Pułku Lotniczego, stacjonująca na lotnisku Ławica w Poznaniu, przemianowana została na 31 Eskadrę Rozpoznawczą. W kampanii wrześniowej 1939 eskadra walczyła w składzie lotnictwa i OPL Armii "Karpaty". Od 30 sierpnia operowała z lotniska polowego Werynia koło Kolbuszowej. Eskadrą dowodził kpt. pil. Witalis Nikonow. Na wyposażeniu znajdowało się 9 samolotów PZL.23B Karaś i jeden samolot RWD-8.
Godło 31 Eskadry